La formación de la identidad sexual es un proceso complejo que empieza en la concepción, pero que se vuelve clave durante el proceso de gestación e incluso en experiencias vitales tras el nacimiento. Por otro lado la identidad sexual suele intentar diferenciarse de la orientación sexual, en la que pueden darse individuos heterosexuales, homosexuales, bisexuales y asexuales. De igual manera que la orientación sexual, la identidad sexual no se puede elegir.
Equivocadamente, hay personas que definen la transexualidad con una homosexualidad extrema; es decir, según estas personas, una persona transexual ama tanto al otro sexo que acaba identificándose con él.
A veces la frontera entre la identidad sexual y la identidad de género no se muestra muy clara. Según esta teoría, la identidad sexual de las personas son el resultado de una construcción social. De ser así no existirían papeles sexuales esencial o biológicamente inscritos en la naturaleza humana. Es decir, todas las identidades relativas a la sexualidad, género y/u orientación sexual son igualmente anómalas, ya que son un producto socio-histórico.
